O calouro do ensino médio, Shiraishi, só quer viver uma vida tranquila. Mas isso é mais difícil do que parece, porque todos ao seu redor não sabem nem que ele está ali. Até agora, a única pessoa que sabe que ele existe é Nagisa Kubo, a garota que senta ao seu lado. Mas pro seu azar, Kubo adora lhe colocar em situações constrangedoras pra ver o quão longe vai sua invisibilidade. Assim o “garoto invisível” vê que vai ter um ensino médio daqueles ao lado da colega.